Основу каталога составляют памятники, мезолитический возраст которых не вызывает сомнений и установлен путем корреляции разных способов датирования. Помимо их в список вошли также объекты, принадлежность которых к эпохе вполне вероятна по геоморфологическим и палеогеографическим показателям для данного конкретного участка местности или по показателям инвентаря.
В качестве источников использовались материалы полевых работ, изложенные в Отчетах о полевых исследованиях или в публикациях.
Памятники систематизированы по географическому принципу, что продиктовано особенностями территории в этом плане. Она естественным образом разделяется на две крупные (северную и южную) части в зависимости от приуроченности к определенным морским бассейнам (Белого и Балтийского морей). Памятники внутри этих частей группируются в зависимости от приуроченности к отдельным участкам прибрежной приморской территории, к бассейнам крупных озер или протяженных озерно-речных систем со стоком в море или во внутренние водоемы. В каждой группе памятники представлены в алфавитном порядке.
Описание каждого памятника включает сведения о его расположении на местности, в том числе в период существования (если это доказано специальными исследованиями), его функциональном назначении (в случае определения по сумме признаков), занимаемой и исследованной площади, характере вмещающего культурные остатки пласта, выявленных сооружений, наборе и количестве вещевого инвентаря. Приводятся датировки объекта, сведения о руководителе работ, времени исследования, месте хранения материалов, их публикации. В качестве Приложения представлены иллюстративные материалы наиболее представительных памятников (планы расположения и стратиграфия, сооружения, изделия), а также списки архивных материалов и литературы, список памятников.