Представлены методика и итоги анализа дифференциации трех основных показателей совокупностей малых предприятий, средних предприятий и индивидуальных предпринимателей в регионах Российской Федерации. Исследования основывались на разработке экономико-математических моделей и кластерном анализе по таким показателям, как объемы производства, численность работников и количество хозяйствующих субъектов каждого из типов предпринимательских структур.