Настоящая работа является частью исследований современного состояния водоемов Заонежья, продолжением инвентаризации биологических ресурсов озер Карелии. Приводится список видового состава зоопланктона, включающего 112 таксонов, для каждого из 12 озер и 6 рек (коловратки, ракообразные). Состав доминирующего комплекса типичен для фауны бореальной зоны. Наряду с олиготрофными озерами (Ладмозеро, Путкозеро), выделяющихся присутствием в планктоне реликтового рачка Limnocalanus, коловратки Notholca и низкими количественными показателями, имеются водоемы (Падмозеро, Мягрозеро, Яндомозеро), отличающиеся наличием значительного количества Chydorus sphaericus, Asplanchna priodonta и наиболее высоким в ряду исследованных водоемов уровнем развития зоопланктона, характерными для мезо- и эвтрофных вод.