В весенний и летний сезоны 2011-2012 гг. изучен фитопланктон девяти озер, расположенных в разного типа ландшафтах южной части Республики Карелия. В семи озерах фитопланктон исследован впервые (озера Гижозеро, Леликозеро, Мягрозеро, Кондозеро, ламба Корытово (Заонежский полуостров), озера Коверъярви, Рапсудозеро (Вендюрская группа)). Установлено, что наиболее высокое видовое разнообразие в озерах всех типов ландшафтов имеют диатомовые (2042 % от общего числа видов) и зеленые (17-42 %) водоросли. Альгофлора специфична для каждого озера и имеет невысокую степень флористического сходства по коэффициентам Серенсена. Количественные показатели фитопланктона менялись в широком диапазоне значений для озер. Численность фитопланктона колебалась в пределах 5,8-1060,5 тыс. кл./л (при среднем значении 160,1 ± 29,1 тыс. кл./л), биомасса изменялась от 0,010 до 1,374 г/м3 (среднее значение 0,209 ± 0,04 г/м3). При кластеризации данных с использованием 26 переменных обнаружено, что озера в разной степени связаны как между собой, так и между группами. Выявлено, что основными факторами, влияющими на общую численность и общую биомассу фитопланктона, а также на численность и биомассу разных групп водорослей, являются удельный водосбор, общий азот и фосфор, площадь водосбора, минерализация, площадь озера, pH и цветность. Получены достоверные положительные корреляционные зависимости (при уровне p < 0,05) между структурными показателями фитопланктона и биогенными элементами (общий азот и фосфор).