Анализируются результаты моделирования изменений биомассы фитопланктона в Можайском водохранилище за 55-летний период его эксплуатации в качестве источника водоснабжения г.Москвы. Приводятся основные расчетные уравнения фитопланктонного блока гидрологической модели водохранилища и их уточненные параметры. По результатам модельных расчетов многолетних колебаний интенсивности развития фитопланктона в вегетационный период проведен многоплановый корреляционный анализ факторов продуктивности водохранилища. Рассматривается комплекс абиотических факторов, которые разделены на три группы по характеру влияния и формам проявления в экосистеме водоеме – гидрологические, метеорологические, гидрохимические и факторы режима регулирования стока гидроузлом. Выявлен устойчивый тренд увеличения средней за вегетационный сезон биомассы фитопланктона в Можайском водохранилище. Статистическими расчетами линейных связей установлены наиболее значимые факторы межгодовых изменений продукционных процессов и развития фитопланктона в водохранилище. Показано, что в летний период уровень развития фитопланктона водохранилища определяет паводочный сток, формирующий внешнюю биогенную нагрузку на водоем, в то время как метеорологические факторы характеризуются низкими коэффициентами корреляции характеристик погодных условий с биомассой фитопланктона в вегетационный период. Диатомовые водоросли относятся к наименее предсказуемой группе фитопланктона.