В статье изложены результаты лито-, хроно- и биостратиграфического изучения разреза озерно-болотных отложений острова Большого Клименецкого, крупнейшего острова архипелага Кижские шхеры, расположенного в северной части Онежского озера. Выявлены изменения обстановок осадконакопления, обусловленные изменениями уровня Онежского озера в поздне- и послеледниковое время. Начальный этап осадконакопления связан с существованием в онежской котловине приледникового бассейна – Онежского приледникового озера (ОПО), уровень которого превышал в районе исследования 80 м. На дне водоема происходило накопление сезонно-слоистых осадков. Дефицит биогенных элементов и низкая прозрачность водной толщи ОПО лимитировали развитие водной биоты. Регрессии ОПО, имевшей место ок. 11300 л.н., соответствует начало накопления вскрытых в разрезе микрослоистых глин. Падение уровня Онежского озера, имевшее место до ~6500 л.н., предположительно в раннем голоцене, привело к размыву позднеплейстоценовых – раннеголоценовых отложений. Впоследствии в районе исследования установились прибрежные мелководные условия с активной гидродинамикой, благоприятствовавшие накоплению песчаных осадков и развитию бентосных диатомей. В дальнейшем результате уменьшения волноприбойной активности, и возможно, некоторого повышения уровня Онежского озера вследствие увеличения общей увлажненности климата в среднем голоцене началось накопление алевритовых осадков, характеризующихся ростом содержания планктонных диатомей. При этом ~7000 л.н. уровень Онежского озера в районе исследования не превышал 40 м. В результате продолжающейся регрессии ~6500 л.н. уровень Онежского озера снизился до ~36-37 м, что привело к дальнейшему обмелению, зарастанию и постепенной изоляции залива, в котором накапливались органогенные осадки с преобладанием диатомей-обрастателей. ~6100 л.н. уровень Онежского озера упал ниже 36 м, в результате чего мелководный залив в районе исследования полностью изолировался от его акватории, а в его котловине началось торфонакопление.