В последнее время все более актуальным становится решение проблем загрязнения окружающей среды с помощью экологически безопасных процессов на основе природных минеральных и биологических компонент. В работе приводятся результаты исследования шунгитовых пород различного генезиса для применения в инновационных способах очистки воды с совместным использованием полезной микробиоты, эффективных микроорганизмов (дрожжей, молочнокислых бактерий и пр.). Показано, что породы различных стратиграфических уровней (второго, четвертого и шестого), различающиеся по составу и строению, характеризуются разной степенью выщелачивания химических элементов, сорбционной активностью к катионным и анионным комплексам и по‑разному способны сорбировать из воды загрязняющие компоненты, в том числе тяжелые металлы. Установлено, что немодифицированная шунгитовая порода ингибирует функционирование эффективных микроорганизмов при непосредственном контакте, а для термически обработанной шунгитовой породы, напротив, наблюдается рост эффективных микроорганизмов.