На основе результатов расчета 55-летних изменений минерального фосфора в Можайском водохранилище рассматриваются особенности структуры его баланса в годовом аспекте и в период весеннего наполнения. Представлена схема процессов моделируемых в имитационной модели и общее расчетное уравнение концентраций минерального фосфора. Рассматриваемые составляющие баланса фосфатов включают поступление фосфора из донных отложений при возникновении условий аноксии в придонных слоях водохранилища, поступление фосфора в результате метаболизма фитопланктона, зоопланктона, рыб, поступление фосфора в результате минерализации растворенного органического вещества, сброс фосфора в нижний бьеф водохранилища, поступление фосфора в донные отложений в результате сорбции и соосаждения, потребление фосфора в процессе фотосинтеза фитопланктона. Установлено соотношение внешних и внутренних потоков минерального фосфора и выявлено доминирующее влияние поступления фосфатов с речным стоком на величину его аккумуляции в водохранилище. Проанализированы различия рассмотренных составляющих баланса фосфатов в отдельные фазы водного режима водохранилища. Выделены особенности колебаний запаса фосфатов и основных составляющие его баланса в период наполнения в водохранилища. Величины максимальных запасов фосфатов колебались в пределах 8,3-54,9 тонн при среднем значении – 22,9 тонн. Линия тренда максимального содержания фосфатов весной с момента создания водохранилища по настоящее время имеет вид параболы, максимум которой приходится на конец 90-х годов Показано, что изменение запаса минерального фосфора в водохранилище контролируется последовательными изменениями его притока, седиментации и потребления фитопланктоном.