Насекомые-вредители являются одной из основных угроз для сельскохозяйственной деятельности. Исторически, для борьбы с ними принято использовать химические средства защиты (инсектициды). Однако в их применении находят множество недостатков, основным из которых является токсикологическое воздействие на нецелевые объекты, снижение биоразнообразия и развитие резистентности у насекомых вредителей. Для комплексной борьбы с ними необходимо знать особенности популяций: их фенотипический и генотипический состав. Сегодня молекулярно-генетические исследования всё чаще используются в оценке стабильности популяций, особенно методы RT-qPCR. Однако данный метод требует внимательного подбора референсных генов. В большинстве исследований обозначают гены, экспрессия которых изменилась в ответ на некоторое воздействие, но практически не раскрывают в отношении каких генов производилась нормализация генов-мишеней и проводилась ли предварительная оценка стабильности эталонных генов. Наше исследование проводилось на Musca domestica. Обладая коротким жизненным циклом и высоким репродуктивным потенциалом, комнатная муха часто служит модельным организмом для изучения популяционных процессов и изучения механизмов инсектицидной устойчивости у насекомых. В настоящее время в научных базах данных мало информации о подборе референсных генов для исследования экспрессии генов данного объекта. В данной работе было протестировано четыре гена кандидата для оценки уровня транскриптов на трех линиях модельного организма Musca domestica. Анализ наиболее стабильных эталонных генов для 55 образцов проводился в программе RefFinder, которая использует несколько алгоритмов оценки референсных генов: Delta Ct, BestKeeper, NormFinder и Genorm. По результатам исследования наиболее надежными признан ген EF-1.