Река Суна – один из важнейших притоков Онежского озера, что определяет актуальность оценки ее экологического состояния. В среднем участке река не испытывает существенного влияния человека, поскольку протекает по территории заповедника «Кивач». Нижний участок реки подвержен антропогенному воздействию, поскольку в устье реки расположен животноводческий комплекс.
В 2006–2008 гг. было выполнено исследование прибрежно-водной флоры двух участков р. Суны, которая включает в себя 141 вид высших сосудистых растений, относящихся к 102 родам и 40 семействам из 5 классов. Сравнительный анализ прибрежно-водной флоры р. Суны в среднем течении (в пределах заповедника «Кивач») и устья выявил существенное различие в видовом составе растений (коэффициент флористического сходства Жаккара – 0,30), что связано с природными факторами (рельеф, гидрологический режим, характер подстилающих грунтов).
В различных участках реки изучено распределение видов, индикаторов трофности. В среднем течении реки, в районе заповедника «Кивач», состав высшей водной растительности указывает на начальные этапы эвтрофирования. В устье реки эвтрофирование выражено более ярко, что связано с воздействием расположенного здесь животноводческого комплекса. Проведенные исследования могут послужить основой для выделения зон разной степени эвтрофирования на различных участках р. Суны и использоваться в экологическом мониторинге.