В Атласе представлены результаты многолетних комплексных исследований Онежского озера, выполненных в рамках программ Отделения наук о Земле РАН, Институтом водных проблем Севера Карельского научного центра РАН при участии Института геологии КарНЦ РАН и Института озероведения РАН. В качестве прототипа был выбран атлас Ладожского озера (Ладожское озеро, 2002). В Атласе представлены схемы, диаграммы, графики, профили и тексты, которые показывают особенности формирования котловины озера и водосбора, современное состояние климата на водосборе, гидрологических и гидрофизических процессов и явлений, биоты и гидрохимических особенностей озера и водных объектов водосбора, а также донных отложений. Последняя глава Атласа, подготовленная по гранту РГО, посвящена памятникам природы, культуры и истории. Большое внимание уделено практическому использованию вод озера, водному хозяйству, а также рекреационным особенностям озера и водосбора. Материалы Атласа представляют интерес для практического использования ресурсов озера и водосбора, а также научных и учебных целей.
Подавляющее число статей написано сотрудниками ИВПС КарНЦ РАН, поэтому после фамилии автора не приводится название института. В статьях Атласа, написанных не сотрудниками Института водных проблем Севера КарНЦ РАН, дано название организации, в которой работает автор.