Приведена характеристика гидрогеологических условий формирования подземного стока на водосборе Онежского озера. Дана количественная оценка водного и химического подземного стока непосредственно, минуя речную сеть, в отдельные озера бассейна р. Шуи (Сямозеро, Крошнозеро, Суоярви, Пряжинское) и Онежское озеро. Установлено, что доля прямого подземного стока в водном балансе озер незначительна, однако его влияние на химический состав озерной воды более значимо и не редко сравнимо с воздействием, оказываемым поверхностными водами. Наиболее важна роль прямого подземного стока в химическом балансе не больших озер.