На основе многолетних исследований выявлены закономерности изменений экосистемы Белого моря и его водосбора под влиянием климатических и антропогенных факторов. Показано, что при росте биогенной нагрузки до 20% экосистема моря будет сохранять олиготрофный статус, а возможное потепление климата на 1-2оС в ближайшие 50 лет не приведет к заметным изменениям морской экосистемы. По результатам работ международным коллективом исследователей России, Норвегии, Финляндии и Германии в издательстве Springer-Praxis издана монография (лаборатория географии) 
Исследования кислородного режима мелководных озер в подледный период показали, что в локальных котловинах мезотрофных и эвтрофных водоемов может формироваться значительный дефицит кислорода, с появлением в придонном слое анаэробных зон, размеры и расположение которых зависят от температуры воды. Развитие подобных зон способно привести к негативным структурным перестройкам экосистем мелководных озер (лаборатория гидрофизики)
Выявлены значительные структурные преобразования донных биоценозов в литоральной зоне Онежского озера, происходящие под влиянием инвазивного вида - бокоплава Gmelinoides fasciatus (Stebbing). Высокая устойчивость к различным абиотическим факторам и особенности биологии этого рачка способствуют его быстрому распространению и вытеснению аборигенного вида Gammarus lacustris (Sars), имеющего сходное биотопическое распределение (лаборатория гидробиологии)